ЕКОЛО́ГІЯ МІКРООРГАНІ́ЗМІВ — галузь екології, що ви­вчає взаємозвʼязок мікроорганізмів та їхнього абіо­тичного або біо­тичного оточе­н­ня. Як самост. дисципліна зародилася на поч. 1960-х рр., на­прикінці 1970-х рр. зайняла важливе місце серед ін. напрямів мікробіології. Тривалий час вчені обмежувалися ви­вче­н­ням природ. зразків, виділе­н­ням тих організмів (до 5 %), які ростуть у заг.-прийнятих живил. середовищах, дослідж. початк. і (або) кінц. продуктів жит­тєдіяльності мікроорганізмів у природі. Від 1990-х рр. для ви­вче­н­ня процесів, що від­буваються у природі за участі мікроорганізмів, почали за­стосовувати молекулярно-генет. методи. Роз­робле­н­ня біо­технологій, повʼязаних з клонува­н­ням ДНК, зокрема рекомбінантної, зробило можливим викори­ста­н­ня генетично змінених мікроорганізмів для боротьби з за­брудне­н­ням довкі­л­ля, контролю росту рослин, синтезу фізіологічно актив. речовин тощо. Остан­нім часом об­ґрунтовано нові методи, що дають можливість ви­вчати склад і динаміку мікроб. угруповань, не роз­поділяючи їх на окремих пред­ставників.

Знач. внесок у дослідж. механізмів взаємозвʼязку мікроорганізмів у різних обʼєктах довкі­л­ля, а також мікроорганізмів і рослин, мікроорганізмів і тварин, у роз­робле­н­ня сучас. положень Е. м. як окремої галузі зробили укр. вчені. Зокрема С. Вино­градський сформулював осн. принципи Е. м., встановив новий для науки факт хемосинтетич. живле­н­ня організмів за рахунок окисле­н­ня неорган. сполук, від­крив нітрифікуючі бактерії та анаеробні азотфіксатори, за­пропонував метод електив. середовищ тощо. М. Холодний роз­робив і впровадив у практику мікробіол. дослідж. принципово нові методи ви­вче­н­ня водних і ґрунт. мікроорганізмів у їхньому природ. середовищі існува­н­ня (методи т. зв. пластинок обро­ста­н­ня і ґрунт. камер), за­пропонував викори­ста­н­ня мікроорганізмів як індикаторів наявності в повітрі певних орган. речовин. В. Білай, М. Пі­доплічко, Л. Рубенчик, Р. Гвоздяк зробили великий внесок у роз­кри­т­тя механізмів взаємозвʼязку мікроорганізмів і рослин; К. Андріюк та Г. Іутинська — у роз­робле­н­ня концепції мікроб. ценозів різних типів ґрунтів; П. Гвоздяк заклав основи мікроб. де­струкції синтетич. за­бруднювачів довкі­л­ля; В. Патика з учнями об­ґрунтував методи викори­ста­н­ня корис. властивостей мікроорганізмів як альтернативу синтетич. агрохімікатів; Л. Григорʼєва роз­робила критерії оцінки ступ. за­брудненості довкі­л­ля патоген. мікроорганізмами за індикатор. показниками, Т. Омелянець — метод. основи встановле­н­ня небезпеки вироб. штамів мікроорганізмів, гігієн. регламентува­н­ня мікроб. за­бруднювачів в обʼєктах вироб. середовища.